En la configuración misma de MySQL, está una interesante solución: Activas el LOG de consultas lentas, y ya lo podrás descubrir cual es el villano que retrasa tu sistema.
Normalmente la configuración está en el archivo /etc/mysql/conf (debian) o en algo como C:/xampp/xampplite/mysql/bin/ny.ini (windows).
Encuentre (o añada) las líneas:
[mysqld]
long_query_time = 1
log-slow-queries = /var/log/mysql/mysql-slow.log
(Debian)
o
slow_query_log = 1
slow_query_log_file = "C:/xampp/xampplite/mysql/data/mysql-slow.log"
(Windows)
Después reinicie su mySQL y ya está!